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堆肥实际就是废弃物稳定化的一种形式，但它需要特殊的湿度、通气条件和微生物以产生适宜的温度。研究表明，在一定温度下加热一段时间可以破坏病原体、杂草种子。通常在60-70℃(湿热)的温度下，加热5-10min(分钟)。可以破坏非芽孢细菌和芽孢细菌的非休眠体的活性。利用加热灭菌，在70℃条件下加热30min(分钟)可以消灭污泥中的病原体。
但在较低温度下(50-60℃)，一些病原菌的灭活则可长达60d。因此堆肥过程中保持60℃以上温度一段时间是必须的。在合理堆肥后残留的有机物分解率较低、相对稳定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。
堆肥有机质的矿质化，可为作物和微生物提供*养分，为微生物活动提供能源，并为堆肥有机质的腐殖化准备基本原料。大型铲车翻抛机多少钱
堆肥以好气性微生物活动为主时，有机质迅速矿化生成较多的二氧化碳、水及其它养分物质，分解速度快而彻底，并放出大量热能;以嫌气性微生物活动为主时，有机质的分解速度慢，且往往不彻底，释放热能少，其分解产物除植物养分外，尚易积累有机酸及CH4、H2S、PH3、H2等还原性物质，当其达到一定程度时，则对作物生长不利甚至有害。
因此堆肥发酵期间的翻堆也是为了转换微生物活动类型，以消除有害物质。
堆肥过程中的各种生物、微生物的死亡、更替及物质形态转化都是同时进行的，无论是从热力学、生物学还是物质转化角度，这些反应都不是几天或十几天这么短时间能够完成的，这也是为什么即使各种温度、湿度、水分、微生物等条件都控制的很好的前提下，堆肥仍要经历45-60天时间的原因。