国产高性能液相色谱仪分离系统是色谱仪的心脏部分。其作用就是把样品中的各个组分分离开来。分离系统由柱室、色谱柱、温控部件组成。其中色谱柱是色谱仪的核心部件。色谱柱主要有两类：填充柱和毛细管柱（开管柱）。柱材料包括金属、玻璃、融熔石英、聚四氟等。色谱柱的分离效果除与柱长、柱径和柱形有关外，还与所选用的固定相和柱填料的制备技术以及操作条件等许多因素有关。
国产高性能液相色谱仪
集中了诸如增强电荷容纳技术（Enhance Charge Capacity，ECC™，通过电场和波形板技术的改进，增加离子存储的有效空间，相同浓度样品离子储存量比传统的3D离子阱多10倍，且储存相同目标分析物离子和10倍浓度的基质离子，均能保持很好的质量分辨率）、离子三重共振扫描技术（Triple Resonance Scanning，主四极场+六极场+二极场，非线性单向激发离子的共振，使离子的共振时间缩短10倍，离子快速射出阱外，提高质谱的分辨率和扫描速度,广泛应用于食品安全、药物开发、环境监测、生命科学研究和分析等领域。
在气相色谱测定中，温度控制是重要的指标，直接影响柱的分离效能、检测器的灵敏度和稳定性。温度控制系统主要指对气化室、色谱柱、检测器三处的温度控制。在气化室要保证液体试样瞬间气化；在色谱柱室要准确控制分离需要的温度，当试样复杂时，分离室温度需要按一定程序控制温度变化，各组分在佳温度下分离；在检测器要使被分离后的组分通过时不在此冷凝。
控温方式分恒温和程序升温两种。
（1）恒温：对于沸程不太宽的简单样品，可采用恒温模式。一般的气体分析和简单液体样品分析都采用恒温模式。
（2）程序升温：所谓程序升温，是指在一个分析周期里色谱柱的温度随时间由低温到高温呈线性或非线性地变化，使沸点不同的组分，各在其佳柱温下流出，从而改善分离效果，缩短分析时间。对于沸程较宽的复杂样品，如果在恒温下分离很难达到好的分离效果，应使用程序升温方法。