在线色谱仪 打开计算机和工作站(脂肪酸分析通道1，分析通道2)，打开方法文件：脂肪酸分析方法或分析方法。显示屏幕的左下角应以蓝色显示电流、电压和时间。然后，可以转动色谱仪放大器面板上点火按钮上的“粗调谐”旋钮，以检查信号是否为路径(基线应随着“粗调谐”旋钮的转动而改变)。在基线稳定进样后，同时单击“开始”按钮或色谱旁边的快捷按钮来分析色谱数据。在分析结束时，单击“停止”按钮，数据将自动保存。
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色谱仪使用气源的纯度要求必须在99.99％以上，但是许多操作者对于不同气相色谱仪检测器要求不同气源纯度的情况没有足够的重视。在使用中，有可能因气源纯度不够而导致气相色谱仪检测器检测基线和限高不稳定。例如使用纯度为98％的氢气作为气相色谱仪检测器的燃气气源，在检测器的104MΩ灵敏度挡位上使用时，可能由于氢气纯度不够而导致测器检基线严重不稳，就好像有永远显示不完的波峰。载气纯度不高含有微量氧时就会影响到毛细管柱的使用寿命。
在使用气相色谱仪FID氢火焰离子检测器对样品进行分析时，需要N2-H2-Air火焰被点燃后转化为富氧焰，即空气应该过量以确保氢气完全燃烧，三种气体比例为Air：H2=(6～8)：1，N2：H2=1：(0.85～1)或空气量应该更大。在此条件下的检测器稳定性和灵敏度高，能够保证作出的定量校正因子可靠。
对温度环境的要求并不特殊，一般在5～35℃的室温条件下即可满足操作要求，对于湿度环境一般要求在20%～85％为宜。在高湿度的地区，使用某些型号的气相色谱仪价格时，会因为环境湿度大而导致仪器的绝缘性能下降，若在高灵敏度挡位操作响应值则会下降。工作人员在使用仪器时遇到上述现象应该采取必要的措施。