微型水质监测站以在线自动分析仪器为核心，运用现代传感器技术、自动测量技术、自动控制技术与计算机应用技术相结合组成的综合水质在线监测系统。智能化的监测仪器与数据采集传输系统，实现监测数据信息传输，远程监控。系统可自动启动及停止，自动进行数据储存和上传，*实现全天候无人值守的自动监测功能，满足河流断面、城市内河、湖泊、水库、潮位站等水质在线监测的需求。
系统总体结构系统主要分为自动化控制系统、水样采集及预处理单元、水质分析仪器单元、系统自维护系统、运行环境支持系统、视频监视系统、控制与数据采集传输系统。
系统由中控室和多个控制单元组成，各控制站采用PLC对设备进行控制和数据采集，通过有线无线相结合通讯方式，实现集中监控管理、集中数据共享。控制模式上采用中控室和现场手动操作的两级控制模式。
水质自动监测系统主要由下面单元组成。
1）取水系统；
2）水样预处理系统；
3）配水系统；
4)分析仪器单元；
5)排水系统；
6)废液收集系统；
7)控制和 数据采集/传输系统；
8)稳压+UPS组合系统（辅助单元）；
9)防雷系统（辅助单元）；
10）清洗系统（辅助单元）；
11）除燥系统（辅助单元）；
12）动环系统（辅助单元）；
13）质控系统（辅助单元）；
