它的工作原理是氧气（或空气）通过高频高压电场，使氧转化为臭氧，并及时与水混合，利用臭氧的强氧化作用，杀灭水中的细菌。杀灭细菌效果浓度，可以通过改变进压力、气量、电流等调节来达到。由于臭氧在水中的氧化还原电位为 2.07v，比（1.36v）高，所以在臭氧量仅为氯的万分之一时，灭菌效果比及其它药剂快600-3000 倍，数秒内可消灭细菌。
二、水箱自洁消毒器原理：
水箱消毒器采用微电解原理，通过电化学反应，使水中溶解的氯离子、水分子产生以下氧化性物质：，臭氧 （O3），活性氧（O）、等。上述氧化性物质通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻的效果。
三、水箱自洁消毒器的重要性：
水箱水不处理存在的主要问题是：自来水经管道输送以及建筑物水箱停留后，水与空气接触，水箱在潮湿环境下滋生微生物以及水池水箱的死水区微生物繁殖，其水质会变差。例如石家庄市就有12万只屋顶水箱。据国家卫生防疫部门报告，二次水池、水箱的水质卫生学指标不合格率占用户用水不合格率的90%以上。例如在广州、石家庄等地，水池、水箱内有“红虫”出现。消防水箱内的水如果长期静置不加以处理，池内的水更容易滋生细菌和微生物，并会产生难闻的味道。